Το ΔΠΜΣ διοικείται από την Επιτροπή Προγράμματος Σπουδών (ΕΠΣ). Η ΕΠΣ είναι εξαμελής και συγκροτείται από δύο μέλη της επισπεύδουσας Σχολής Χημικών Μηχανικών και από ένα μέλος των συμμετεχουσών Σχολών Μηχανολόγων Μηχανικών, Πολιτικών Μηχανικών, Ναυπηγών Μηχανολόγων Μηχανικών, Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Φυσικών Επιστημών του ΕΜΠ για διετή θητεία. Ο εκάστοτε Διευθυντής ορίζεται με απόφαση της ΕΠΣ.
Από την ίδρυση του ΔΠΜΣ (1998) μέχρι και τον Αύγουστο του 2011, Διευθυντής του ΔΠΜΣ ήταν ο Καθηγητής Ν. Μαρκάτος, συνιδρυτής μαζί με τον Καθηγητή Γ. Τσαμασφύρο, του ΔΠΜΣ “Υπολογιστική Μηχανική”. Ομότιμοι πλέον Καθηγητές του ΕΜΠ, οι Ν. Μαρκάτος και Γ. Τσαμασφύρος εξακολουθούν να προσφέρουν τις υπηρεσίες τους στο ΔΠΜΣ ως διδάσκοντες. Από το Σεπτέμβριο του 2011 έως τον Αύγουστο του 2018, Διευθυντής του ΔΠΜΣ ήταν ο Καθηγητής Α. Μπουντουβής, νυν Πρύτανης του ΕΜΠ. Από τον Οκτώβριο 2018 έως τον Αύγουστο 2022, Διευθυντής του ΔΠΜΣ ήταν ο Καθηγητής Χ. Κυρανούδης. Από το Νοέμβριο 2022 μέχρι και σήμερα Διευθυντής του ΔΠΜΣ είναι ο Καθηγητής Χ. Σαρίμβεης.
Διευθυντής
Χαράλαμπος Σαρίμβεης
Καθηγητής, Σχολή Χημικών Μηχανικών
Επιτροπή Προγράμματος Σπουδών (ΕΠΣ)
Ανδρέας Μπουντουβής
Καθηγητής, Σχολή Χημικών Μηχανικών
Χαράλαμπος Σαρίμβεης
Καθηγητής, Σχολή Χημικών Μηχανικών
Κυριάκος Γιαννάκογλου
Καθηγητής, Σχολή Μηχανολόγων Μηχανικών
Βησσαρίων Παπαδόπουλος
Καθηγητής, Σχολή Πολιτικών Μηχανικών
Κωνσταντίνος Μπελιμπασάκης
Καθηγητής, Σχολή Ναυπηγών Μηχανολόγων Μηχανικών
Γεώργιος Τσιάτας
Αναπληρωτής Καθηγητής, Σχολή Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Φυσικών Επιστημών