Στον κύκλο των μαθημάτων κορμού του αναμορφωμένου προγράμματος σπουδών παρέχονται γνώσεις θεμελιωδών επιστημών στα Μαθηματικά, στην Αριθμητική Ανάλυση, στη Μηχανική, την Ελαστική Συμπεριφορά των Υλικών κλπ. Με βάση τα παραπάνω μαθήματα κορμού γίνεται η προσπάθεια οι φοιτητές να αποκτήσουν όσο το δυνατό ενιαίο υπόβαθρο γνώσεων για να παρακολουθήσουν τα μεταπτυχιακά μαθήματα εξειδίκευσης και έτσι εξασφαλίζεται η όσο το δυνατόν καλύτερη ομοιογένεια των Μεταπτυχιακών Φοιτητών κατά την παρακολούθηση των μαθημάτων του δευτέρου εξαμήνου.
Ο Μεταπτυχιακός Φοιτητής πρέπει να παρακολουθήσει επιτυχώς τέσσερα (4) υποχρεωτικά μαθήματα κορμού διάρκειας 13 εβδομάδων.
Στα μαθήματα εξειδίκευσης δίνονται εξειδικευμένες γνώσεις στην Υπολογιστική Μηχανική και συγκεκριμένα στους τομείς της Μηχανικής, Υδροδυναμικής, Αεροδυναμικής, Εμβιομηχανικής, Μοριακής Μηχανικής, Μη Γραμμικής Δυναμικής, Ανάλυσης Πολλαπλών Κλιμάκων κ.α. στις υπο-κατευθύνσεις του ΜΠΣ όπως Υλικά, Κατασκευές, Περιβάλλον- Ενέργεια και Διεργασίες.
Τα μαθήματα εξειδίκευσης διδάσκονται στο δεύτερο εξάμηνο σπουδών. Στην Ροή/ Κατεύθυνση Ρευστών προσφέρονται μαθήματα επιλογής και επιλέγονται πέντε από αυτά ενώ στη Ροή/ Κατεύθυνση Στερεών τα μαθήματα διακρίνονται σε υποχρεωτικά (δύο), κατ’ επιλογήν υποχρεωτικά (επιλογή ενός) και επιλογής (επιλογή δύο). Συνεπώς, στο δεύτερο εξάμηνο, ο Μεταπτυχιακός Φοιτητής πρέπει να επιλέξει και να παρακολουθήσει επιτυχώς πέντε (5) μαθήματα διάρκειας 13 εβδομάδων.
Στα μαθήματα επιλογής των δύο ροών της Υπολογιστικής Μηχανικής των Ρευστών και της Υπολογιστικής Μηχανικής των Στερεών δίνονται εξειδικευμένες γνώσεις μεθόδων υπολογιστικής Μηχανικής που βρίσκουν ευρεία εφαρμογή στον προγραμματισμό σύγχρονων αλγορίθμων για τον σχεδιασμό και την μοντελοποίηση φυσικών φαινομένων και την χρησιμοποίηση αυτών των μοντέλων για την επίλυση κατασκευαστικών προβλημάτων.
Το πρόγραμμα σπουδών ανανεώνεται, με εμπλουτισμό από νέα μαθήματα και με αντικατάσταση άλλων, έτσι ώστε να διατηρείται σύγχρονο, αιχμηρό και διεθνώς ανταγωνιστικό. Η ποικιλία των προσφερόμενων μαθημάτων συνίσταται στην αντιπροσώπευση των περιοχών αιχμής και όχι στο πλήθος τους προκειμένου να περιορίζονται, κατά το δυνατόν, οι επικαλύψεις ύλης, ο κερματισμός των γνωστικών αντικειμένων και τα ιδιαίτερα ολιγομελή ακροατήρια μαθημάτων.
Στο δεύτερο εξάμηνο σπουδών ο Μεταπτυχιακός Φοιτητής αναλαμβάνει τη μεταπτυχιακή του εργασία σε θέμα που επιλέγει συνήθως από τα μαθήματα εξειδίκευσης. Σημειώνεται ότι καταβάλλεται συστηματική προσπάθεια από τους διδάσκοντες και τη διοίκηση του ΔΠΜΣ ώστε να δίνεται η δυνατότητα εκπόνησης της μεταπτυχιακής εργασίας σε συνεργασία με φορείς του εξωτερικού, πανεπιστήμια, ερευνητικά κέντρα και βιομηχανία.
Για την υλοποίηση των μαθημάτων οι διδάσκοντες συνεπικουρούνται από “εξωτερικούς συνεργάτες” (ερευνητές, μετα-διδάκτορες, υποψήφιοι διδάκτορες κλπ.) για την πραγματοποίηση διαλέξεων επί εξειδικευμένων θεμάτων και την παροχή επικουρικού διδακτικού έργου (εργαστήρια, ασκήσεις σε Η/Υ κλπ.). Η συμβολή τους στη διεξαγωγή των μαθημάτων αποδεικνύεται πολύ σημαντική.
Κατά τη διάρκεια των δύο εξαμήνων σπουδών οργανώνονται διαλέξεις στην ευρύτερη θεματολογία της Υπολογιστικής Μηχανικής με ομιλητές από το εξωτερικό, το εσωτερικό αλλά και από το προσωπικό του ΔΠΜΣ, και καλύπτουν θέματα ερευνητικού και επαγγελματικού ενδιαφέροντος. Οι διαλέξεις αυτές συνδέονται με τη συνεργασία του ακαδημαϊκού προσωπικού του ΔΠΜΣ με επιστημονικές ομάδες από το εξωτερικό και το εσωτερικό καθώς και με τη βιομηχανία. Μέσα από αυτές τις συνεργασίες προκύπτουν δυνατότητες για συμμετοχή των φοιτητών του ΔΠΜΣ στις κοινές δράσεις, όπως μέσω της εκπόνησης της μεταπτυχιακής διατριβής, καθώς και προοπτικές για επιστημονική και επαγγελματική απασχόληση.